Bộ Hải quân Hoa Kỳ, do Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ thuộc giới dân sự lãnh đạo, trông coi cả Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ và Hải quân Hoa Kỳ. Sĩ quan cao cấp nhất của Thủy quân lục chiến là Tham mưu trưởng Thủy quân lục chiến, có trách nhiệm tổ chức, tuyển mộ, huấn luyện, và trang bị cho Thủy quân lục chiến để lực lượng có thể sẵn sàng tác chiến dưới quyền của các vị Tư lệnh Tác chiến Thống nhất (tư lệnh liên quân). Thủy quân lục chiến được tổ chức thành bốn thành phần chính: Tổng hành dinh Thủy quân lục chiến, Các lực lượng Tác chiến, Lực lượng Hỗ trợ, và Lực lượng Trừ bị Thủy quân lục chiến.

Các lực lượng Tác chiến được chia thành ba nhóm: Các lực lượng Thủy quân lục chiến (Marine Corps Forces) được giao cho các bộ tư lệnh thống nhất, Các lực lượng An ninh Thủy quân lục chiến đặc trách canh gác những cơ sở hải quân có cấp độ rủi ro cao, và những toán thuộc Vệ binh An ninh Thủy quân lục chiến đặt trách canh gác tại các đại sứ quán Mỹ. Theo bản ghi nhớ "Các lực lượng thuộc các bộ tư lệnh thống nhất" thì Thủy quân lục chiến được phái đến mỗi bộ tư lệnh thống nhất vùng theo sự hướng dẫn của Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ với sự chấp thuận của Tổng thống Hoa Kỳ. Từ năm 1991, Thủy quân lục chiến có duy trì các tổng hành dinh thành phần của mình tại mỗi bộ tư lệnh thống nhất vùng.[61] Các lực lượng Thủy quân lục chiến (Marine Corps Forces) được chia nhỏ thành Bộ tư lệnh Các lực lượng Thủy quân lục chiến (MARFORCOM) và Lực lượng Thủy quân lục chiến Thái Bình Dương (MARFORPAC), mỗi lực lượng được một trung tướng chỉ huy. MARFORCOM có trong tay Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến II; MARFORPAC có Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến I và Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến III.[24]

Lực lượng Hỗ trợ gồm có Bộ tư lệnh Phát triển Tác chiến Thủy quân lục chiến (MCCDC), Các trạm Tuyển mộ Thủy quân lục chiến, Bộ tư lệnh Tiếp vận Thủy quân lục chiến, các căn cứ Thủy quân lục chiến và các căn cứ không lực, Bộ tư lệnh Tuyển mộ, và Ban quân nhạc Thủy quân lục chiến.

Quan hệ với các quân chủng khác

Tổng thể thì Thủy quân lục chiến chia sẻ nhiều nguồn lực với các quân chủng khác trong Quân đội Hoa Kỳ. Tuy nhiên họ cũng luôn tìm cách duy trì đặc tính của mình liên quan đến sứ mệnh, ngân sách, và cơ sở vật chất trong lúc đó vận dụng sự hỗ trợ sẵn có từ các quân chủng lớn hơn. Mặc dù Thủy quân lục chiến có ít cơ sở và căn cứ ở cả tại Hoa Kỳ và trên thế giới so với các quân chủng khác nhưng đa số các căn cứ Lục quân, Hải quân và Không quân Hoa Kỳ đều có sự hiện diện của Thủy quân lục chiến.

Với Lục quân Hoa Kỳ

Khả năng tác chiến của Thủy quân lục chiến trong nhiều cách trùng lập với khả năng của Lục quân Hoa Kỳ. Trong lịch sử Lục quân từng coi Thủy quân lục chiến như là lực lượng lấn áp khả năng của mình cũng như cạnh tranh để giành lấy ngân quỹ, sứ mệnh, và danh tiếng. Thái độ này có lịch sử ngược về thời mới thành lập Thủy quân lục chiến Lục địa khi tướng George Washington từ chối cho phép các tiểu đoàn Thủy quân lục chiến đầu tiên được tuyển ra từ Lục quân Lục địa của ông. Nổi bật nhất là ngay sau kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai, Lục quân nỗ lực tái tổ chức lực lượng quốc phòng Mỹ đã có ý định giải thể thủy quân lục chiến và nhập tất cả khả năng của lực lượng này vào trong các quân chủng khác. Lãnh đạo cho phong trào này là các sĩ quan Lục quân nổi tiếng như tướng Dwight D. Eisenhower và tham mưu trưởng Lục quân Hoa Kỳ George C. Marshall.[39] Mặc dù sự hiềm khích vẫn còn tồn tại đến ngày nay nhưng đa số các binh sĩ thủy quân và lục quân đã áp dụng một thái độ hợp tác nhiều hơn khi hoạt động hỗn hợp với nhau. Về lý thuyết thì Thủy quân lục chiến tập trung vào các sứ mệnh viễn chinh và độc lập trong khi đó Lục quân có chiều hướng thiên về sức mạnh toàn phần. Vì đặt nặng về lưu động và vũ trang hỗn hợp nên Thủy quân lục chiến đã trở thành một lực lượng trang bị nhẹ hơn nhiều so với Lục quân. Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ duy trì một tỉ lệ lớn về quân số và trang bị dành cho các binh chủng tác chiến (bộ binh, pháo binh, cơ giới, và không yểm gần) nhiều hơn Lục quân Hoa Kỳ. Tuy nhiên, Lục quân duy trì các lực lượng cơ giới, pháo binh, vận tải trên bộ, và tiếp vận đa dạng và lớn hơn nhiều trong khi đó Thủy quân lục chiến có binh chủng không quân đa dạng và lớn hơn mà thường được tổ chức thành Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ binh Thủy quân lục chiến. Thủy quân lục chiến có chiều hướng gắn kết tốt hơn để trở thành một đơn vị viễn chinh cũng như đơn vị đổ bộ từ biển hoàn hảo. Lục quân có rất nhiều binh chủng khác nhau trong khi đó "mỗi binh sĩ Thủy quân lục chiến là một tay súng trường". Điều đó chứng tỏ rằng Thủy quân lục chiến đặt nặng vào các đơn vị bộ binh chuẩn với các binh chủng khác trong vai trò hỗ trợ.

Thủy quân lục chiến thường học theo Lục quân ở cách trang bị cho binh sĩ (cũng như thừa hưởng những nguồn lực từ các phát triển và nghiên cứu của Lục quân), những nguồn lực dùng cho huấn luyện, và các khái niệm hỗ trợ khác. Đa số các khí cụ (xe, tàu, phi cơ) và vũ khí của Thủy quân lục chiến đều được chia sẻ, cải tiến hay thừa hưởng từ những chương trình của Lục quân.

Về mặc văn hóa, Thủy quân lục chiến và Lục quân Hoa Kỳ chia sẻ phần lớn các thuật từ và tiếng lóng quân sự của Hoa Kỳ nhưng Thủy quân lục chiến cũng vận dụng một con số lớn các thuật từ hải quân và các truyền thồng không phù hợp với cách sống của Lục quân.

Với Hải quân Hoa Kỳ

Đồng nhiệm với Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ dưới quyền của Bộ Hải quân Hoa Kỳ là Hải quân Hoa Kỳ. Chính vì thế mà Hải quân và Thủy quân lục chiến có quan hệ gần gũi hơn so với các quân chủng khác của Hoa Kỳ. Bạch thư và các văn bản thăng chức đều sử dụng chung thành ngữ "Navy-Marine Corps Team" (Đội ngũ Hải quân-Thủy quân lục chiến),[62][63] hay "the Naval Service" (ngành hải quân). Cả Tham mưu trưởng Hải quân Hoa Kỳ và Tham mưu trưởng Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ đều báo cáo trực tiếp với Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ.

Hợp tác giữa hai quân chủng bắt đầu bằng việc huấn luyện và giáo huấn Thủy quân lục chiến. Thủy quân lục chiến nhận phần lớn sĩ quan của mình từ Học viện Hải quân Hoa Kỳ và Quân đoàn Huấn luyện Sĩ quan Trừ bị Hải quân. Ban giám hiệu của Quân đoàn Huấn luyện Sĩ quan Trừ bị Hải quân gồm có các huấn luyện viên Thủy quân lục chiến trong khi đó các huấn luyện viên thực hành Thủy quân lục chiến cũng giúp huấn luyện các sĩ quan Trường Ứng viên Sĩ quan Hải quân. Các phi công Thủy quân lục chiến được huấn luyện theo chương trình đào tạo không quân của Hải quân.

Việc cùng huấn luyện chung với nhau được xem là rất hệ trọng vì Hải quân cung ứng vận tải, tiếp vận, và hỗ trợ tác chiến để đưa các đơn vị Thủy quân lục chiến vào chiến trường. Đa số các cơ sở không lực Thủy quân lục chiến sử dụng là rút từ kinh nghiệm của Hải quân khi quyết định mua hoặc tài trợ. Các hàng không mẫu hạm của Hải quân thường thường được triển khai có một phi đoàn Thủy quân lục chiến bên cạnh các phi đoàn Hải quân. Thủy quân lục chiến không tuyển mộ hoặc huấn luyện các nhân viên không tác chiến như tuyên úy hay y tế/nha khoa nên nhân viên của hải quân đảm trách các vai trò trống này. Một số thủy thủ này, đặc biệt là quân y và chuyên gia về chương trình tôn giáo, thường mặc đồng phục Thủy quân lục chiến nhưng mang quân hiệu hải quân. Ngược lại, Thủy quân lục chiến có trách nhiệm tiến hành các chiến dịch trên bộ để hỗ trợ các chiến dịch của hải quân, trong đó có việc chiếm giữ các căn cứ không và hải quân địch. Cả hai quân chủng này cùng có một đội ngũ an ninh mạng chung.

Thủy quân lục chiến và thủy thủ chia sẻ nhiều truyền thống hải quân, đặc biệt là các thuật ngữ và tục lệ. Huân chương vinh dự của Thủy quân lục chiến là từ biến thể của Hải quân;[20] trừ một số ít, các bội tinh và băng hiệu của Hải quân và Thủy quân lục chiến thì giống nhau. Đội bay biểu diễn Blue Angels của Hải quân có cả các sĩ quan và binh sĩ của Hải quân và Thủy quân lục chiến trong đó có một phi cơ C-130 Hercules của Thủy quân lục chiến.[20]

Năm 2007, Thủy quân lục chiến cùng với Hải quân Hoa Kỳ và Tuần duyên Hoa Kỳ áp dụng một chiến lược biển mới có tên gọi "Một chiến lược hợp tác hải lực thế kỷ 21" (a cooperative strategy for 21st century seapower) nhằm nâng cao ý niệm ngăn ngừa chiến tranh đến cấp bậc triết lý tương tự như tiến hành chiến tranh.[64] Chiến lược mới này đã phác thảo ra một phương hướng cho Hải quân, Tuần duyên và Thủy quân lục chiến cùng làm việc với nhau và với các đồng sự quốc tế nhằm ngăn ngừa các cuộc khủng hoảng vùng do con người tạo ra hay thiên tai tạo ra hoặc là phải phản ứng nhanh chóng nếu có xảy ra để tránh gây ảnh hưởng bất lợi cho Hoa Kỳ.

Với Không quân Hoa Kỳ

Mặc dù đa số các khí cụ và cơ sở không lực của Thủy quân lục chiến là từ Hải quân nhưng một số hỗ trợ là từ Không quân Hoa Kỳ. Thủy quân lục chiến cũng nhờ rất nhiều vào bộ tư lệnh vận chuyển của Không quân Hoa Kỳ để không vận binh sĩ và trang thiết bị của mình khắp thế giới.

Theo thông lệ Không quân Hoa Kỳ cũng cung cấp Tư lệnh Thành phần Không lực Hỗn hợp là người chỉ huy các phi vụ phòng không, ngăn cản và trinh sát tầm xa trong khi đó tư lệnh Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ binh Thủy quân lục chiến thì nắm giữ các cơ sở khí cụ không lực của Thủy quân lục chiến.[65][66]

Lực lượng đặc nhiệm không-bộ

Ngày nay, khung sườn cơ bản cho các đơn vị Thủy quân lục chiến được khai triển là Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ Thủy quân lục chiến (Marine Air-Ground Task Force hay viết tắt là MAGTF), một cơ cấu linh động cho các lực lượng lớn nhỏ. Một Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ Thủy quân lục chiến bao gồm một thành phần tác chiến trên bộ, một thành phần tác chiến trên không, và một thành phần tác chiến tiếp vận[67] dưới quyền của một thành phần tư lệnh chung, có khả năng hoạt động độc lập hoặc là một bộ phận của một liên quân lớn hơn. Cơ cấu Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ Thủy quân lục chiến phản ánh một truyền thống mạnh mẽ của Thủy quân lục chiến về sự tự lực và sự đóng góp cho lực lượng hỗn hợp. Đây là vốn liếng thiết yếu cho một lực lượng viễn chinh thường được phái đến để hành động độc lập trong mọi tình huống cả về cấp bách và riêng lẻ.[9]

Một Lực lượng Đặc nhiệm Không-Bộ Thủy quân lục chiến có nhiều tầm mức lớn nhỏ khác nhau: nhỏ nhất là một Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến gồm một tiểu đoàn bộ binh được tăng cường và một phi đoàn gồm nhiều loại phi cơ; đến lớn nhất là một Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến gồm có một sư đoàn, một không đoàn và một Liên đoàn Tiếp vận dưới một Liên đoàn Tổng hành dinh Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến. Bãy Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến thay phiên nhau đổi vị trí giữa họ và các thành phần liên kết của họ để duy trì tình trạng sẵn sàng chiến đấu cao. Mỗi Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến được đánh giá là có khả năng thực hiện các chiến dịch đặc biệt.[68] 3 Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến (MEF) bao gồm phần lớn nhất các lực lượng triển khai hiện dịch của quân chủng.

Chiến tranh đặc biệt

Mặc dù ý niệm về một sự đóng góp lực lượng đặc biệt Thủy quân lục chiến cho Bộ tư lệnh Hành quân Đặc biệt Hoa Kỳ (USSOCOM) đã được xem xét trước khi USSOCOM được thành lập vào thập niên 1980 nhưng nó bị Thủy quân lục chiến chống đối. Tham mưu trưởng Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ vào thời đó là Paul X. Kelley đã phát biểu về một niềm tin chung rằng Thủy quân lục chiến nên hỗ trợ Thủy quân lục chiến và rằng Thủy quân lục chiến không nên tài trợ khả năng chiến tranh đặc biệt mà không giúp hỗ trợ các chiến dịch của Thủy quân lục chiến.[69] Tuy nhiên, nhiều sự chống đối từ bên trong Thủy quân lục chiến cũng biến dần khi các vị chỉ huy trưởng của Thủy quân lục chiến đứng nhìn Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến số 15 và số 26 "đứng ngoài cuộc" trong những giai đoạn vừa mới bắt đầu Chiến dịch Enduring Freedom trong khi các đơn vị chiến tranh đặc biệt khác tích cực tham dự vào các chiến dịch tác chiến tại Afghanistan.[70] Sau một thời gian phát triển dài 2 năm, Thủy quân lục chiến đồng ý vào năm 2006 cung ứng một đơn vị gồm 2.600 binh sĩ có tên là Bộ tư lệnh Hành quân Đặc biệt Lực lượng Thủy quân lục chiến (MARSOC) trực tiếp dưới quyền của Bộ tư lệnh Hành quân Đặc biệt Hoa Kỳ.[71]